Nakon ulaska Hrvatske u Europsku uniju, otvara se mogućnost korištenja EU sredstava kroz Strukturne fondove. Koliko će tih sredstava Hrvatska iskoristiti ovisi i o spremnosti institucija uključenih u proces. Sve te institucije dio su Operativne strukture, unutar koje će ministarstva biti upravljačka tijela (Managing Authority), a projekte će provoditi određene institucije koje će biti posrednička tijela (Intermediate Body).

HAMAG je predviđen kao posredničko tijelo za provedbu Operativnog programa "Regionalna konkurentnost", za čiju je pripremu i upravljanje nadležno Ministarstvo gospodarstva, rada i poduzetništva.

Cilj ovog projekta, završenog u lipnju 2009. godine, bio je povećati administrativni kapacitet i spremnost budućih posredničkih tijela za učinkovito korištenje sredstava Europske unije, te na taj način povećati iskorištenost sredstava namijenjenih Hrvatskoj. Projekt je trajao 9 mjeseci, a njegova vrijednost je 189.283 eura.

Polazišna točka svih institucija unutar Operativne strukture, pa tako i HAMAG-a, jest proces akreditacije. Akreditacija je postupak ocjenjivanja spremnosti utvrđenih struktura za početak upravljanja i korištenja sredstava Europske unije te ocjenjivanje njihove sposobnosti uspješnog rukovođenja programima Unije.

Tri su institucije obuhvaćene ovim projektom, koje će krenuti u postupak akreditacije posredničkih tijela za
Strukturne fondove. To su:

• Hrvatska agencija za malo gospodarstvo – HAMAG;
• Poslovno – inovacijski centar Hrvatske – BICRO i
• Agencija za regionalni razvoj – ARR.

HAMAG će provoditi projekte Ministarstva gospodarstva, rada i poduzetništva, BICRO projekte Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa, a ARR projekte Ministarstva regionalnog razvoja, šumarstva i vodnog gospodarstva.